Hiện nay, có nhiều doanh nghiệp ủy quyền quyết toán thuế thu nhập cá nhân thay cho người lao động nhưng vẫn không xác định được: các khoản phụ cấp, trợ cấp nào phải chịu thuế Thu nhập cá nhân; khoản nào thì không phải chịu thuế Thu nhập cá nhân khi tính thuế.
1. Trợ cấp, phụ cấp ưu đãi hàng tháng và trợ cấp một lần theo quy định của pháp luật về ưu đãi người có công.

2. Trợ cấp hàng tháng, trợ cấp một lần đối với các đối tượng tham gia kháng chiến, bảo vệ tổ quốc, làm nhiệm vụ quốc tế, thanh niên xung phong đã hoàn thành nhiệm vụ.

3. Phụ cấp quốc phòng, an ninh; các khoản trợ cấp đối với lực lượng vũ trang.

4. Phụ cấp độc hại, nguy hiểm đối với những ngành, nghề hoặc công việc ở nơi làm việc có yếu tố độc hại, nguy hiểm.

5. Phụ cấp thu hút, phụ cấp khu vực.

6. Trợ cấp khó khăn đột xuất, trợ cấp tai nạn lao động, bệnh nghề nghiệp, trợ cấp một lần khi sinh con hoặc nhận nuôi con nuôi, mức hưởng chế độ thai sản, mức hưởng dưỡng sức, phục hồi sức khoẻ sau thai sản, trợ cấp do suy giảm khả năng lao động, trợ cấp hưu trí một lần, tiền tuất hàng tháng, trợ cấp thôi việc, trợ cấp mất việc làm, trợ cấp thất nghiệp và các khoản trợ cấp khác theo quy định của Bộ luật Lao động và Luật Bảo hiểm xã hội.

7. Trợ cấp đối với các đối tượng được bảo trợ xã hội theo quy định của pháp luật.

8. Phụ cấp phục vụ đối với lãnh đạo cấp cao.

9. Trợ cấp một lần đối với cá nhân khi chuyển công tác đến vùng có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn, hỗ trợ một lần đối với cán bộ công chức làm công tác về chủ quyền biển đảo theo quy định của pháp luật. Trợ cấp chuyển vùng một lần đối với người nước ngoài đến cư trú tại Việt Nam, người Việt Nam đi làm việc ở nước ngoài, người Việt Nam cư trú dài hạn ở nước ngoài về Việt Nam làm việc.

10. Phụ cấp đối với nhân viên y tế thôn, bản.

11. Phụ cấp đặc thù ngành nghề.