Trong quá trình vận hành doanh nghiệp, nhiều chủ sở hữu công ty TNHH một thành viên do cá nhân làm chủ đồng thời đảm nhiệm vị trí Giám đốc hoặc Tổng Giám đốc điều hành trực tiếp. Vấn đề đặt ra là khoản tiền lương, tiền công chi trả cho chủ công ty cùng các khoản đóng bảo hiểm đi kèm có được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN hay không. Nếu hạch toán không đúng quy định, doanh nghiệp đối mặt với rủi ro bị truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính trong kỳ kiểm tra, thanh tra thuế.

Nhằm hỗ trợ doanh nghiệp và bộ phận kế toán nắm vững cơ sở pháp lý để thực hiện đúng quy định, Công ty TNHH Kế toán và Tư vấn KH (Kiến Hưng) phân tích chi tiết các quy định pháp luật liên quan và hướng dẫn phương án xử lý tối ưu qua bài viết dưới đây.

I.Quy Định Pháp Luật Về Tiền Lương Của Chủ Công Ty TNHH 1 Thành Viên

1. Khung pháp lý về chi phí tiền lương không được trừ khi tính thuế TNDN

Căn cứ theo các quy định hướng dẫn mới nhất về các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN tại Thông tư 20/2026/TT-BTC và Nghị định 320/2025/NĐ-CP, pháp luật Thuế tiếp tục kế thừa và quy định rõ loại trừ:

"Tiền lương, tiền công của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên (do một cá nhân làm chủ); thù lao trả cho các sáng lập viên, thành viên của hội đồng thành viên, hội đồng quản trị mà những người này không trực tiếp tham gia điều hành sản xuất, kinh doanh."

2. Phân tích thực tế áp dụng tại doanh nghiệp

Theo quy định nêu trên, pháp luật thuế phân định rõ trường hợp của công ty TNHH một thành viên do một cá nhân làm chủ:

Trường hợp chủ sở hữu trực tiếp điều hành: Dù chủ công ty trực tiếp giữ chức danh Giám đốc/Tổng Giám đốc, có ký hợp đồng lao động, ban hành quy chế tài chính và lập bảng lương hàng tháng, khoản tiền lương này vẫn không được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

Bản chất pháp lý: Do tài sản của cá nhân chủ sở hữu và tài sản của công ty TNHH 1 thành viên do cá nhân làm chủ có sự gắn liền về mặt lợi ích cuối cùng, khoản lương chi trả cho chính bản thân chủ sở hữu không được công nhận là chi phí phát sinh khách quan phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh dưới góc độ thuế TNDN.

II. Xử Lý Các Khoản Chi Phí Liên Quan: Bảo Hiểm Xã Hội Và Thuế TNCN

Bên cạnh tiền lương, các khoản đóng bảo hiểm và nghĩa vụ thuế TNCN đối với chủ công ty TNHH 1 thành viên cũng là vướng mắc phổ biến.

1. Chi phí Bảo hiểm xã hội (BHXH, BHYT, BHTN)

Quy định về tính chi phí được trừ: Do khoản tiền lương, tiền công của chủ công ty TNHH 1 thành viên không thuộc diện chi phí được trừ khi tính thuế TNDN, các khoản chi phí trích theo lương như BHXH, BHYT, BHTN, BHTNLĐ-BNN do công ty chi trả cho chủ sở hữu cũng không được tính vào chi phí hợp lý khi xác định nghĩa vụ thuế TNDN.

Hạch toán kế toán: Doanh nghiệp vẫn thực hiện trích nộp bảo hiểm theo quy định của pháp luật lao động và bảo hiểm xã hội (nếu thuộc đối tượng tham gia), nhưng khi quyết toán thuế TNDN phải loại trừ phần chi phí này.

2. Nghĩa vụ Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN)

Đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công: Trường hợp công ty vẫn thực hiện chi trả tiền lương cho chủ sở hữu dưới danh nghĩa Giám đốc/Tổng Giám đốc, khoản thu nhập này vẫn chịu thuế TNCN từ tiền lương, tiền công theo biểu thuế lũy tiến từng phần theo quy định của Luật Thuế Thu nhập cá nhân.

Đối với thu nhập từ rút lợi nhuận (đầu tư vốn): Căn cứ theo Thông tư 87/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, lợi nhuận nhận được của chủ công ty TNHH một thành viên do cá nhân làm chủ sau khi đã nộp thuế TNDN không phải chịu thuế TNCN đối với thu nhập từ đầu tư vốn.

III. Hướng Dẫn Tuân Thủ Và Lời Khuyên Cho Kế Toán Doanh Nghiệp

Để đảm bảo hồ sơ quyết toán thuế đúng quy định và tối ưu hóa dòng tiền cho doanh nghiệp, bộ phận kế toán và chủ sở hữu cần lưu ý các điểm sau:

1. Kê khai điều chỉnh trên Tờ khai quyết toán thuế TNDN

Trong năm tài chính, bộ phận kế toán vẫn có thể hạch toán tiền lương và chi phí bảo hiểm của chủ công ty vào sổ sách kế toán để theo dõi nội bộ (theo chuẩn mực kế toán).

Tuy nhiên, khi lập Tờ khai quyết toán thuế TNDN (Mẫu 03/TNDN), kế toán bắt buộc phải chủ động loại bỏ toàn bộ chi phí tiền lương, tiền công và các khoản bảo hiểm đi kèm của chủ công ty TNHH 1 thành viên tại chỉ tiêu B4 (Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế).

2. Phương án nhận thu nhập tối ưu cho chủ sở hữu

Thay vì cố gắng hợp thức hóa chi phí tiền lương (vốn sẽ bị loại khi kiểm tra thuế và chịu rủi ro thuế TNCN trùng lặp), chủ doanh nghiệp nên nhận thu nhập thông qua hình thức rút lợi nhuận sau thuế.

Khi doanh nghiệp đã hoàn tất nghĩa vụ thuế TNDN (thuế suất thông thường là 20%), toàn bộ lợi nhuận còn lại thuộc quyền sở hữu hợp pháp của chủ công ty và được rút ra sử dụng mà không phát sinh thêm bất kỳ khoản thuế TNCN nào.

Kết luận

Tiền lương và chi phí bảo hiểm của chủ công ty TNHH 1 thành viên do một cá nhân làm chủ (dù có trực tiếp điều hành hay không) không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN theo quy định. Doanh nghiệp cần nắm rõ quy định này để chủ động kê khai chỉ tiêu B4 trên tờ khai quyết toán thuế TNDN, tránh phát sinh tiền phạt vi phạm và tiền chậm nộp thuế khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.

Nếu quý doanh nghiệp cần hỗ trợ rà soát chi phí, lập tờ khai quyết toán thuế hoặc tư vấn cấu trúc chi phí tối ưu đúng pháp luật, xin vui lòng liên hệ Công ty TNHH Kế toán và Tư vấn KH (Kiến Hưng) để được hỗ trợ chi tiết.

Thông tin liên hệ

CÔNG TY TNHH KẾ TOÁN VÀ TƯ VẤN KH (KIẾN HƯNG)

Địa chỉ: 33 Phan Văn Khỏe, Phường Chợ Lớn, TP.HCM

Hotline: 0978 619 629

Website: www.ketoankh.com

Email: admin@ketoankh.com

Zalo OA: https://zalo.me/2762638483354012481