Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết thì việc xác định chi phí để tính thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết thì tùy thuộc vào từng trường hợp sẽ có những quy định riêng.
Cụ thể, Điều 16 Nghị định 132/2020/NĐ-CP đã hướng dẫn chi tiết cách xác định chi phí để tính thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Theo đó, chi phí của giao dịch liên kết không phù hợp bản chất giao dịch độc lập hoặc không góp phần tạo ra doanh thu, thu nhập cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp trong kỳ, bao gồm 03 khoản sau:

- Chi phí thanh toán cho bên liên kết không thực hiện bất kỳ hoạt động sản xuất, kinh doanh nào liên quan đến ngành nghề, hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế; không có quyền lợi, trách nhiệm liên quan đối với tài sản, hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho người nộp thuế.

- Chi phí thanh toán cho bên liên kết có hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng quy mô tài sản, số lượng nhân viên và chức năng sản xuất, kinh doanh không tương xứng với giá trị giao dịch mà bên liên kết nhận được từ người nộp thuế.

- Chi phí thanh toán cho bên liên kết là đối tượng cư trú của một nước hoặc vùng lãnh thổ không thu thuế thu nhập doanh nghiệp, không góp phần tạo ra doanh thu, giá trị gia tăng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của người nộp thuế.

Bên cạnh đó, chi phí dịch vụ giữa các bên liên kết được xác định như sau:  

Thứ nhất, người nộp thuế được trừ các khoản chi phí dịch vụ vào chi phí tính thuế trong kỳ nếu đáp ứng đủ các điều kiện như sau: Dịch vụ được cung cấp có giá trị thương mại, tài chính, kinh tế và phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế; dịch vụ từ các bên liên kết được xác định đã cung cấp trong điều kiện hoàn cảnh tương tự các bên độc lập chi trả cho các dịch vụ này; phí dịch vụ được thanh toán trên cơ sở nguyên tắc giao dịch độc lập và phương pháp tính giá giao dịch liên kết hoặc phân bổ mức phí dịch vụ giữa các bên liên kết phải được áp dụng thống nhất trong toàn tập đoàn đối với loại hình dịch vụ tương tự và người nộp thuế phải cung cấp hợp đồng, chứng từ, hóa đơn và thông tin về phương pháp tính, yếu tố phân bổ và chính sách giá của tập đoàn đối với dịch vụ được cung cấp.

Trường hợp liên quan đến các trung tâm thực hiện chức năng chuyên môn hóa và hợp lực tạo giá trị tăng thêm của tập đoàn, người nộp thuế phải xác định tổng giá trị tạo ra từ các chức năng này, xác định mức phân bổ lợi nhuận phù hợp với giá trị đóng góp của các bên liên kết sau khi đã trừ mức phí dịch vụ tương ứng cho bên liên kết thực hiện chức năng điều phối, cung cấp dịch vụ của giao dịch độc lập có tính chất tương đồng.

Thứ hai, chi phí dịch vụ không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm: Chi phí phát sinh từ các dịch vụ được cung cấp chỉ nhằm mục đích phục vụ lợi ích hoặc tạo giá trị cho các bên liên kết khác; dịch vụ phục vụ lợi ích cổ đông của bên liên kết; dịch vụ tính phí trùng lắp do nhiều bên liên kết cung cấp cho cùng một loại dịch vụ, không xác định được giá trị gia tăng cho người nộp thuế; dịch vụ về bản chất là các lợi ích người nộp thuế nhận được do là thành viên của một tập đoàn và chi phí mà bên liên kết cộng thêm đối với dịch vụ do bên thứ ba cung cấp thông qua trung gian bên liên kết không đóng góp thêm giá trị cho dịch vụ.

Theo Nghị định số 132/2020/NĐ-CP, tổng chi phí lãi vay được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết được quy định như sau:

Một là, tổng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ của người nộp thuế được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp không vượt quá 30% của tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh trong kỳ cộng chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi và lãi cho vay phát sinh trong kỳ cộng chi phí khấu hao phát sinh trong kỳ của người nộp thuế.

Hai là, phần chi phí lãi vay không được trừ theo quy định tại điểm a được chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo khi xác định tổng chi phí lãi vay được trừ trong trường hợp tổng chi phí lãi vay phát sinh được trừ của kỳ tính thuế tiếp theo thấp hơn mức quy định tại điểm a khoản này. Thời gian chuyển chi phí lãi vay tính liên tục không quá 05 năm kể từ năm tiếp sau năm phát sinh chi phí lãi vay không được trừ.

Ba là, quy định tại phần một sẽ không áp dụng với các khoản vay của người nộp thuế là tổ chức tín dụng theo Luật Các tổ chức tín dụng; tổ chức kinh doanh bảo hiểm theo Luật Kinh doanh bảo hiểm; các khoản vay vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), vay ưu đãi của Chính phủ thực hiện theo phương thức Chính phủ đi vay nước ngoài cho các doanh nghiệp vay lại; các khoản vay thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia (chương trình nông thôn mới và giảm nghèo bền vững); các khoản vay đầu tư chương trình, dự án thực hiện chính sách phúc lợi xã hội của Nhà nước (nhà ở tái định cư, nhà ở công nhân, sinh viên, nhà ở xã hội và dự án phúc lợi công cộng khác).

Bốn là, người nộp thuế kê khai tỷ lệ chi phí lãi vay trong kỳ tính thuế theo hướng dẫn tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP.

Căn cứ pháp lý:

Nghị định 132/2020/NĐ-CP.