Khấu trừ thuế là việc doanh nghiệp trả thu nhập thực hiện tính trừ số thuế phải nộp vào thu nhập của người nộp thuế trước khi trả thu nhập. Doanh nghiệp phải khấu trừ thuế thu nhập cá nhân khi trả các khoản thu nhập sau đây cho cá nhân:

1. Thu nhập của cá nhân không cư trú

Doanh nghiệp trả các khoản thu nhập chịu thuế cho cá nhân không cư trú có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi trả thu nhập.

2. Thu nhập từ tiền lương, tiền công

- Đối với cá nhân cư trú ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên thì doanh nghiệp trả thu nhập thực hiện khấu trừ thuế theo Biểu thuế lũy tiến từng phần, kể cả trường hợp cá nhân ký hợp đồng từ ba (03) tháng trở lên tại nhiều nơi.

- Đối với cá nhân cư trú ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên nhưng nghỉ làm trước khi kết thúc hợp đồng lao động thì doanh nghiệp trả thu nhập vẫn thực hiện khấu trừ thuế theo Biểu thuế lũy tiến từng phần.

- Đối với cá nhân là người nước ngoài vào làm việc tại Việt Nam thì doanh nghiệp trả thu nhập căn cứ vào thời gian làm việc tại Việt Nam của người nộp thuế ghi trên Hợp đồng hoặc văn bản cử sang làm việc tại Việt Nam để tạm khấu trừ thuế theo Biểu thuế lũy tiến từng phần (đối với cá nhân có thời gian làm việc tại Việt Nam từ 183 ngày trong năm tính thuế) hoặc theo Biểu thuế toàn phần (đối với cá nhân có thời gian làm việc tại Việt Nam dưới 183 ngày trong năm tính thuế).

- Doanh nghiệp bảo hiểm có trách nhiệm khấu trừ thuế 10% đối với khoản tiền phí tích lũy tương ứng với phần người sử dụng lao động mua cho người lao động bảo hiểm nhân thọ (không bao gồm bảo hiểm hưu trí tự nguyện), bảo hiểm không bắt buộc khác có tích lũy về phí bảo hiểm của doanh nghiệp bảo hiểm được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam.

Trường hợp người sử dụng lao động mua cho người lao động bảo hiểm nhân thọ (không bao gồm bảo hiểm hưu trí tự nguyện), bảo hiểm không bắt buộc khác có tích lũy về phí bảo hiểm của doanh nghiệp bảo hiểm được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam, người lao động chưa phải tính vào thu nhập chịu thuế khi người sử dụng lao động mua bảo hiểm. Đến thời điểm đáo hạn hợp đồng, doanh nghiệp bảo hiểm có trách nhiệm khấu trừ tiền thuế theo tỷ lệ 10% trên khoản tiền phí tích lũy tương ứng với phần người sử dụng lao động mua cho người lao động từ ngày 01 tháng 7 năm 2013. Trường hợp khoản phí tích lũy được trả nhiều lần thì tiền thuế được khấu trừ theo tỷ lệ 10% tương ứng với từng lần trả tiền phí tích lũy.

Doanh nghiệp trả thu nhập có trách nhiệm khấu trừ thuế theo tỷ lệ 10% trên khoản tiền phí bảo hiểm đã mua hoặc đóng góp trước khi trả lương cho người lao động đối với khoản bảo hiểm nhân thọ, bảo hiểm không bắt buộc khác có tích lũy về phí bảo hiểm của doanh nghiệp bảo hiểm không thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam được phép bán bảo hiểm tại Việt Nam mà tổ chức, cá nhân trả thu nhập mua cho người lao động.

Doanh nghiệp bảo hiểm có trách nhiệm theo dõi riêng phần phí bảo hiểm nhân thọ, bảo hiểm không bắt buộc khác do người sử dụng lao động mua hoặc đóng góp cho người lao động để làm căn cứ tính thuế thu nhập cá nhân.

3. Thu nhập từ làm đại lý bảo hiểm, đại lý xổ số, bán hàng đa cấp; thu nhập từ hoạt động cho doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuê tài sản.

- Công ty xổ số, doanh nghiệp bảo hiểm, doanh nghiệp bán hàng đa cấp, trả tiền hoa hồng cho cá nhân làm đại lý xổ số, đại lý bảo hiểm, bán hàng đa cấp với số tiền hoa hồng trên 100 triệu đồng/năm có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi trả thu nhập cho cá nhân.

- Doanh nghiệp thuê tài sản của cá nhân có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi trả thu nhập trên 100 triệu đồng/năm cho cá nhân cho thuê tài sản nếu trong hợp đồng thuê có thỏa thuận bên đi thuê là người nộp thuế thay.

4. Thu nhập từ đầu tư vốn

Doanh nghiệp trả thu nhập từ đầu tư vốn có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi trả thu nhập cho cá nhân, trừ trường hợp cá nhân phải tự khai thuế đối với thu nhập từ đầu tư vốn trong trường hợp nhận cổ tức bằng cổ phiếu, lợi tức ghi tăng vốn.

5. Thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán

Đối với chứng khoán giao dịch trên Sở Giao dịch chứng khoán:

- Công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký chứng khoán có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi thanh toán tiền cho cá nhân.

- Công ty quản lý quỹ nơi cá nhân ủy thác quản lý danh mục đầu tư chứng khoán có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của cá nhân ủy thác danh mục đầu tư chứng khoán theo bảng phân bổ của công ty gửi ngân hàng lưu ký mà công ty mở tài khoản lưu ký.

Đối với chứng khoán chuyển nhượng không qua hệ thống giao dịch trên Sở Giao dịch chứng khoán:

- Trường hợp chứng khoán của công ty đại chúng đã đăng ký chứng khoán tập trung tại Trung tâm lưu ký chứng khoán thì công ty chứng khoán, ngân hàng thương mại nơi cá nhân mở tài khoản lưu ký chứng khoán khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi làm thủ tục chuyển quyền sở hữu chứng khoán tại Trung tâm Lưu ký chứng khoán.

- Trường hợp chứng khoán của công ty cổ phần chưa là công ty đại chúng nhưng công ty cổ phần ủy quyền cho công ty chứng khoán quản lý thì Danh sách cổ đông công ty chứng khoán khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi làm thủ tục chuyển quyền sở hữu chứng khoán.

Cá nhân chuyển nhượng chứng khoán phải xuất trình hợp đồng chuyển nhượng với Công ty chứng khoán khi làm thủ tục chuyển quyền sở hữu chứng khoán.

6. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn góp của cá nhân không cư trú

Doanh nghiệp nhận chuyển nhượng vốn góp của cá nhân không cư trú có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.

7. Thu nhập từ trúng thưởng

Doanh nghiệp trả tiền thưởng có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi trả thưởng cho cá nhân trúng thưởng

8. Thu nhập từ bản quyền, nhượng quyền thương mại

Doanh nghiệp trả thu nhập từ bản quyền, nhượng quyền thương mại có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân trước khi trả thu nhập cho cá nhân.

9. Khấu trừ thuế đối với một số trường hợp khác

Doanh nghiệp trả tiền công, tiền thù lao, tiền chi khác cho cá nhân cư trú không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng có tổng mức trả thu nhập từ hai triệu (2.000.000) đồng/lần trở lên thì phải khấu trừ thuế trước khi trả cho cá nhân.