Trong quá trình doanh nghiệp lập và cung cấp chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân cho những đối tượng bị khấu trừ, không thể tránh được sai sót xảy ra. Vậy khi có sai sót, doanh nghiệp phải xử lý như thế nào? 
1. Chứng từ khấu trừ thuế

Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) là giấy xác nhận của tổ chức, cá nhân trả thu nhập về việc thực hiện tính trừ số thuế phải nộp vào thu nhập của người nộp thuế trước khi trả thu nhập theo yêu cầu của cá nhân bị khấu trừ thuế.

Chứng từ khấu trừ thuế phải sử dụng theo đúng thứ tự, từ số nhỏ đến số lớn (từ ngày 01 tháng 01 đến hết ngày 31 tháng 12 năm dương lịch), không được dùng bỏ cách số thứ tự, trùng số liệu, trùng ký hiệu.

Căn cứ theo Khoản 2 Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC, tổ chức, cá nhân trả các khoản thu nhập đã khấu trừ thuế theo quy định PHẢI cấp chứng từ khấu trừ thuế theo yêu cầu của cá nhân bị khấu trừ. Trường hợp cá nhân ủy quyền quyết toán thuế thì không cấp chứng từ khấu trừ. 

Cấp chứng từ khấu trừ thuế trong một số trường hợp cụ thể được thực hiện như sau:

- Đối với cá nhân không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới ba (03) tháng: cá nhân có quyền yêu cầu tổ chức, cá nhân trả thu nhập cấp chứng từ khấu trừ cho mỗi lần khấu trừ thuế hoặc cấp một chứng từ khấu trừ cho nhiều lần khấu trừ thuế trong một kỳ tính thuế.

- Đối với cá nhân ký hợp đồng lao động từ ba (03) tháng trở lên: tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ cấp cho cá nhân một chứng từ khấu trừ trong một kỳ tính thuế.

2. Loại chứng từ khấu trừ thuế

Có 2 loại chứng từ khấu trừ thuế như sau:

- Chứng từ khấu trừ tự in trên máy vi tính

- Chứng từ khấu trừ được cơ quan thuế cấp

Hàng quý, chậm nhất là ngày 30 của tháng đầu quý sau, doanh nghiệp trả thu nhập sử dụng chứng từ khấu trừ thực hiện báo cáo về việc sử dụng chứng từ với cơ quan thuế dù phát sinh hay không phát sinh sử dụng chứng từ khấu trừ thuế. 

Chứng từ khấu trừ thuế gồm các nội dung như sau: 

- Chứng từ khấu trừ thuế phải có ký hiệu và ký hiệu được sử dụng các chữ cái trong 20 chữ cái tiếng Việt in hoa (A, B, C, D, E, G, H, K, L, M, N, P, Q, R, S, T, U, V, X, Y), ký hiệu gồm 02 chữ cái và năm in phát hành.

Ví dụ: AB/2010/T, trong đó AB là ký hiệu; 2010 là năm phát hành chứng từ; T là chứng từ tự in.

- Chứng từ khấu trừ được đánh số thứ tự liên tục theo dãy số tự nhiên, tối đa không quá 07 chữ số trong 01 ký hiệu.

- Mỗi số chứng từ khấu trừ gồm 02 liên:

Liên 1: Lưu tại tổ chức trả thu nhập.

Liên 2: Giao cho người bị khấu trừ tiền thuế.

- Những nội dung đặc thù, biểu tượng của đơn vị có thể được đưa vào mẫu chứng từ khấu trừ. Trường hợp tổ chức trả thu nhập cần sử dụng chứng từ khấu trừ in song ngữ thì in tiếng Việt trước, tiếng nước ngoài sau

3. Cách xử lý khi chứng từ khấu trừ thuế tự in có sai sót

Căn cứ theo quy định tại Điều 4 Thông tư 37/2010/TT-BTC thì trường hợp chứng từ khấu trừ thuế tự in lập sai được giải quyết như sau:

Thời điểm phát hiện	Cách xử lý
Chứng từ viết sai nhưng chưa giao	- Gạch chéo 2 liên để huỷ bỏ rồi lập chứng từ khấu trừ mới. - Phải lưu đầy đủ các liên của số chứng từ khấu trừ.
Chứng từ viết sai đã xé đã giao	- Lập biên bản ghi rõ nội dung sai, số, ngày chứng từ khấu trừ đã lập sai có chữ ký xác nhận của người nhận thu nhập, - Đồng thời yêu cầu người có thu nhập nộp lại liên chứng từ đã lập sai (liên giao cho người bị khấu trừ) cho tổ chức trả thu nhập để lưu cùng với biên bản. - Sau đó, lập chứng từ khấu trừ mới thay thế để giao cho người nộp thuế và phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về số chứng từ khấu trừ huỷ bỏ.