Từ 01/01/2025, không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế. 
1. 02 lưu ý khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế 2025
Ngày 08/8/2025, Cục thuế ban hành Công văn 3034/CT-CS về việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Theo đó, căn cứ quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15, doanh nghiệp cần lưu ý 02 quy định sau khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế 2025:

(1) Trước ngày 01/01/2025, sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.

(2) Sau ngày 01/01/2025, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp: Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra; Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Trên đây là 02 lưu ý khi khai bổ sung hồ sơ khai thuế 2025 theo Công văn 3034/CT-CS năm 2025 về việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

2. Các trường hợp kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế 2025
Lưu ý: Từ 01/01/2025, không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế. (Quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế tại khoản 2 và khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 đã bị bãi bỏ bởi điểm b khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15).

Thay vào đó, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót trong trường hợp sau đây:

- Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

- Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.

Đối với những nội dung thuộc phạm vi thanh tra, kiểm tra, người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về thanh tra và các trường hợp thực hiện theo kết luận, quy định của cơ quan chuyên ngành có thẩm quyền liên quan đến nội dung xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.

(Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15).

3. Lưu ý khi khai thuế bổ sung làm tăng/giảm số tiền thuế phải nộp
Căn cứ Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 7 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15, cần lưu ý các quy định sau khi khai thuế bổ sung làm tăng/giảm số tiền thuế phải nộp:

(i) Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp thì phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế phải nộp tăng thêm kể từ ngày kế tiếp ngày cuối cùng thời hạn nộp thuế của kỳ tính thuế có sai, sót hoặc kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu.

(ii) Người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số tiền thuế đã được hoàn trả thì phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế đã hoàn trả phải thu hồi kể từ ngày nhận được tiền hoàn trả từ ngân sách nhà nước.

Mức tính tiền chậm nộp và thời gian tính tiền chậm nộp được quy định như sau:

- Mức tính tiền chậm nộp bằng 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp.

- Thời gian tính tiền chậm nộp được tính liên tục kể từ ngày tiếp theo ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo hoặc quyết định ấn định thuế hoặc quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế đến ngày liền kề trước ngày số tiền nợ thuế, tiền thu hồi hoàn thuế, tiền thuế tăng thêm, tiền thuế ấn định, tiền thuế chậm chuyển được nộp vào ngân sách nhà nước.