Công ty TNHH 2 thành viên trở lên trả thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân (sau đây gọi tắt là TNCN) có trách nhiệm thực hiện khai, nộp thuế thu nhập cá nhân theo tháng, quý hoặc theo từng lần phát sinh như sau:

1. Công ty trả thu nhập có phát sinh khấu trừ thuế thu nhập cá nhân thì phải khai, nộp thuế theo tháng hoặc quý:
1.1. Khai thuế thu nhập cá nhân theo quý
Khi doanh nghiệp tư nhân đáp ứng đủ các tiêu chí sau sẽ được khai thuế TNCN theo quý:
(1) Đủ điều kiện khai thuế giá trị gia tăng theo quý, cụ thể là:

+ Doanh nghiệp tư nhân có tổng doanh thu bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống. Doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ được xác định là tổng doanh thu trên các tờ khai thuế giá trị gia tăng của các kỳ tính thuế trong năm dương lịch.

+ Trường hợp doanh nghiệp tư nhân mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh (hoạt động, kinh doanh dưới 12 tháng) và lựa chọn khai thuế GTGT theo quý.

(2) Doanh nghiệp tư nhân lựa chọn khai thuế thu nhập cá nhân theo quý.

Khai thuế thu nhập cá nhân theo quý như sau:

- Việc khai thuế theo quý được xác định một lần kể từ quý đầu tiên phát sinh nghĩa vụ khai thuế và được áp dụng ổn định trong cả năm dương lịch.

- Người nộp thuế có trách nhiệm tự xác định thuộc đối tượng khai thuế theo quý để thực hiện khai thuế theo quy định, cụ thể như sau:

+ Người nộp thuế đáp ứng tiêu chí khai thuế theo quý được lựa chọn khai thuế theo tháng hoặc quý ổn định trọn năm dương lịch.

+ Trường hợp người nộp thuế đang thực hiện khai thuế theo tháng nếu đủ điều kiện khai thuế theo quý và lựa chọn chuyển sang khai thuế theo quý thì gửi Văn bản đề nghị quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP đề nghị thay đổi kỳ tính thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là 31/01 của năm bắt đầu khai thuế theo quý. Nếu sau thời hạn này người nộp thuế không gửi văn bản đến cơ quan thuế thì người nộp thuế tiếp tục thực hiện khai thuế theo tháng ổn định trọn năm dương lịch.

+ Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế phải thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo. Người nộp thuế không phải nộp lại hồ sơ khai thuế theo tháng của các quý trước đó nhưng phải nộp Bản xác định số tiền thuế phải nộp theo tháng tăng thêm so với số đã kê khai theo quý quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP và phải tính tiền chậm nộp theo quy định.

+ Trường hợp cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì cơ quan thuế phải xác định lại số tiền thuế phải nộp theo tháng tăng thêm so với số người nộp thuế đã kê khai và phải tính tiền chậm nộp theo quy định.

+ Người nộp thuế phải thực hiện khai thuế theo tháng kể từ thời điểm nhận được văn bản của cơ quan thuế.

1.2. Khai thuế thu nhập cá nhân theo tháng
Doanh nghiệp tư nhân không đáp ứng các tiêu chí khai thuế thu nhập cá nhân theo quý tại mục 1 nêu trên thì thực hiện khai thuế thu nhập cá nhân theo tháng.

Doanh nghiệp tư nhân trả thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân có trách nhiệm khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân năm thay cho các cá nhân có uỷ quyền không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế. Trường hợp doanh nghiệp tư nhân không phát sinh trả thu nhập thì mới không phải khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân.

2. Công ty trả thu nhập chịu thuế TNCN phải khai, nộp thuế thu nhập cá nhân theo từng lần phát sinh thay cho các cá nhân có các thu nhập sau:
2.1. Đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản
- Trường hợp cá nhân có quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà nhưng đem thế chấp, bảo lãnh vay vốn hoặc thanh toán tại tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài; đến hết thời hạn trả nợ, cá nhân không có khả năng trả nợ thì tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài làm thủ tục phát mại, bán bất động sản đó đồng thời thực hiện khai thuế, nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân trước khi thực hiện thanh quyết toán các khoản nợ của cá nhân.

- Trường hợp cá nhân có quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà nhưng đem thế chấp để vay vốn hoặc thanh toán với doanh nghiệp khác, nay thực hiện chuyển nhượng toàn bộ (hoặc một phần) bất động sản đó để thanh toán nợ thì công ty làm thủ tục chuyển nhượng thay phải khai thuế, nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân trước khi thanh quyết toán các khoản nợ.

- Trường hợp bất động sản do cá nhân chuyển nhượng cho công ty khác theo quyết định thi hành án của Tòa án thì công ty tổ chức bán đấu giá phải khai thuế, nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân chuyển nhượng.

Lưu ý: Công ty khai thay ghi thêm “Khai thay” vào phần trước cụm từ “Người nộp thuế hoặc Đại diện hợp pháp của người nộp thuế” đồng thời người khai ký, ghi rõ họ tên, sau khi ký tên phải đóng dấu của công ty. Trên hồ sơ tính thuế, chứng từ thu thuế vẫn phải thể hiện đúng người nộp thuế là cá nhân chuyển nhượng bất động sản.

2.2. Đối với thu nhập nộp thuế theo từng lần phát sinh

Công ty hợp tác kinh doanh với cá nhân kinh doanh không có địa điểm kinh doanh cố định và kinh doanh không thường xuyên (nộp thuế theo từng lần phát sinh) thì cá nhân không trực tiếp khai thuế. Công ty có trách nhiệm khai thay và nộp thay thuế thu nhập cá nhân cho cá nhân hợp tác kinh doanh.

2.3. Đối với cá nhân có thu nhập từ cho thuê tài sản
Cá nhân ký hợp đồng cho thuê tài sản với công ty mà trong hợp đồng thuê có thỏa thuận bên đi thuê (công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên) nộp thuế thay thì công ty có trách nhiệm khai thuế và nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân cho thuê tài sản.

2.4. Đối với thu nhập từ bản quyền, nhượng quyền thương mại
Cá nhân ký hợp đồng mua bán bản quyền, nhượng quyền thương mại với công ty và có ủy quyền cho công ty kê khai và nộp thuế thu nhập cá nhân thay cho cá nhân thì công ty có trách nhiệm kê khai và nộp thuế thay cho cá nhân theo ủy quyền.

Lưu ý: Công ty TNHH 2 thành viên trả thu nhập thuộc trường hợp khai thuế thu nhập cá nhân theo tháng, quý mà trong tháng quý đó không phát sinh việc khấu trừ thuế thu nhập cá nhân của đối tượng nhận thu nhập thì KHÔNG phải nộp hồ sơ khai thuế TNCN.