Hiện nay, có 02 phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (sau đây gọi tắt là GTGT), đó là phương pháp tính trực tiếp và phương pháp khấu trừ thuế.

Phương pháp khấu trừ thuế là phương pháp được các công ty ưu tiên lựa chọn, vì dựa vào nó, công ty cổ phần có thể khấu trừ được số thuế đầu vào khi mua hàng hóa, máy móc, nguyên vật liệu... đây là ưu điểm lớn nhất mà các phương pháp tính thuế trực tiếp không có được.

Công ty cổ phần thuộc các nhóm đối tượng sau sẽ được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế nếu thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật, bao gồm:

- Công ty cổ phần có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định;

- Công ty cổ phần nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai khấu trừ nộp thay.

- Công ty cổ phần đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế

Cách tính số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp khấu trừ:

Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ

Trong đó:

Số thuế GTGT đầu ra bằng tổng số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn GTGT.

Thuế GTGT ghi trên hóa đơn = Giá tính thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bán ra x Thuế suất thuế GTGT

Thuế GTGT đầu vào bằng tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, số thuế GTGT ghi trên chứng từ nộp thuế của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

Trường hợp đặc biệt:

Trường hợp hàng hóa, dịch vụ mua vào là loại được dùng chứng từ đặc thù ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT như tem, vé cước vận tải, vé xổ số kiến thiết,... thì:

Giá chưa có thuế GTGT = Giá thanh toán (tiền bán vé, bán tem...) / 1 + thuế suất của hàng hóa, dịch vụ (%)

Theo đó:

Thuế GTGT đầu vào = Giá đã có thuế - Giá chưa có thuế

Theo công thức trên thì: 

- Nếu số thuế GTGT phải nộp > 0 tức là số thuế GTGT đầu ra lớn hơn số thuế GTGT đầu vào thì công ty phải nộp thuế, nhưng không phải trong mọi trường hợp công ty đều phải nộp thuế vì còn phụ thuộc vào số thuế GTGT được khấu trừ từ kỳ trước chuyển sang.

- Nếu số thuế GTGT phải nộp < 0 thì số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Ví dụ: Công ty X tiến hành tính số thuế GTGT phải nộp cho quý II/2017:

Số thuế GTGT phải nộp = 5 triệu (số thuế GTGT đầu ra) - 3 triệu (số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ) = 2 triệu

Nhưng trong quý I/2017, Công ty còn 2 triệu thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ, thì sẽ được thực hiện khấu trừ sang quý II/2017, do đó số thuế GTGT phải nộp trong quý II là 0.