Từ ngày 01/07/2026, Thông tư 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính chính thức có hiệu lực, hướng dẫn chi tiết Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. Thông tư bổ sung nhiều quy định mới về quản lý thuế, trong đó có ba nội dung tác động trực tiếp đến công tác kế toán và quản lý thuế của doanh nghiệp.

1. Doanh nghiệp sẽ được phân loại theo mức độ tuân thủ thuế

Lần đầu tiên, cơ quan thuế áp dụng cơ chế đánh giá và phân nhóm người nộp thuế dựa trên mức độ rủi ro. Việc phân loại được thực hiện dựa trên nhiều tiêu chí như:

  • Quy mô doanh nghiệp (doanh thu, vốn, lao động)
  • Ngành nghề kinh doanh (bao gồm thương mại điện tử, kinh doanh số, hoạt động xuyên biên giới...)
  • Địa bàn hoạt động
  • Lịch sử chấp hành pháp luật về thuế

Theo đó, doanh nghiệp sẽ được xếp vào một trong bốn nhóm:

Tuân thủ tốt – Rủi ro thấp: Được ưu tiên trong quản lý thuế; giảm nguy cơ thanh tra, kiểm tra không cần thiết.

Tuân thủ trung bình: Được cơ quan thuế hướng dẫn, hỗ trợ nâng cao mức độ tuân thủ.

Rủi ro cao: Có thể bị tăng cường giám sát, cảnh báo hoặc kiểm tra.

Không tuân thủ: Thuộc diện quản lý trọng điểm và áp dụng các biện pháp theo quy định.

Điều này đồng nghĩa việc kê khai đúng, nộp đúng và lưu trữ hồ sơ đầy đủ sẽ ngày càng quan trọng hơn đối với mỗi doanh nghiệp.

2. Siết chặt việc phân bổ thuế cho các đơn vị, cơ sở ở tỉnh khác

Thông tư quy định rõ nguyên tắc phân bổ nghĩa vụ thuế đối với doanh nghiệp có chi nhánh, địa điểm kinh doanh hoặc cơ sở sản xuất tại tỉnh, thành phố khác nơi đặt trụ sở chính.

Nguyên tắc quan trọng là: tổng số thuế phân bổ cho các địa phương không được vượt quá tổng số thuế phải nộp theo hồ sơ khai thuế.

Đối với thuế GTGT: Một số trường hợp phải thực hiện phân bổ gồm hoạt động xây dựng, chuyển nhượng bất động sản ngoài tỉnh, và cơ sở sản xuất phụ thuộc tại địa phương khác. Thông tư cũng quy định cụ thể tỷ lệ phân bổ theo từng trường hợp.

Đối với thuế TNDN: Thuế phải nộp của từng cơ sở sản xuất được xác định dựa trên thuế TNDN phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh và tỷ lệ chi phí thực tế phát sinh tại từng cơ sở trên tổng chi phí của doanh nghiệp.

Các doanh nghiệp có nhiều địa điểm hoạt động cần rà soát lại quy trình hạch toán chi phí và kê khai thuế để bảo đảm phân bổ đúng quy định.

3. Hướng dẫn xử lý khi hệ thống thuế điện tử gặp sự cố

Thông tư cũng làm rõ cách xử lý trong trường hợp doanh nghiệp không thể nộp hồ sơ đúng hạn do hệ thống thuế điện tử gặp lỗi. Cụ thể:

Nếu hệ thống gặp sự cố đúng vào ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ, doanh nghiệp được nộp ngay sau khi hệ thống hoạt động trở lại và vẫn được xem là nộp đúng hạn theo quy định.

Trường hợp sự cố xảy ra sau giờ hành chính của ngày cuối cùng, người nộp thuế có thể thực hiện theo hướng dẫn của cơ quan thuế để tránh bị xử lý do nộp chậm.

Đây là quy định giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro phát sinh khi việc nộp hồ sơ bị gián đoạn do nguyên nhân khách quan từ hệ thống.

Doanh nghiệp cần làm gì?

Để thích ứng với các quy định mới, doanh nghiệp nên:

  • Rà soát mức độ tuân thủ thuế và quy trình kê khai hiện hành.
  • Kiểm tra việc phân bổ thuế nếu có chi nhánh hoặc cơ sở sản xuất ở nhiều tỉnh.
  • Lưu trữ đầy đủ chứng từ, hồ sơ và theo dõi các thông báo từ hệ thống thuế điện tử.
  • Chủ động cập nhật quy định mới để hạn chế rủi ro về thuế và tránh các khoản xử phạt không đáng có.

Kế toán KH luôn đồng hành cùng doanh nghiệp trong việc cập nhật chính sách thuế mới, hỗ trợ kê khai đúng quy định và xây dựng hệ thống kế toán tuân thủ, hiệu quả.

Nếu doanh nghiệp cần tư vấn về việc áp dụng Thông tư 89/2026/TT-BTC, hãy liên hệ Kế toán KH để được hỗ trợ.

THÔNG TIN LIÊN HỆ

CÔNG TY TNHH KẾ TOÁN VÀ TƯ VẤN KH (KIẾN HƯNG)
Địa chỉ: 33 Phan Văn Khỏe, Phường Chợ Lớn, TP.HCM
Điện thoại: 0978 619 629
Website: www.ketoankh.com
Email: admin@ketoankh.com
Zalo OA: https://zalo.me/2762638483354012481