Vừa qua Tổng Cục thuế ban hành Công văn hướng dẫn về việc thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT? Nếu đúng thì Công văn hướng dẫn những nội dung gì? 
Qua tổng hợp báo cáo từ các Cục Thuế, việc triển khai thực hiện chỉ đạo, hướng dẫn của Tổng cục Thuế tại cơ quan thuế địa phương còn có những cách hiểu khác nhau làm phát sinh vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện.

Do đó, nhằm đảm bảo thực hiện thống nhất, đồng bộ theo đúng quy định pháp luật về quản lý thuế, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn 5004/TCT-TTKT ngày 09/11/2023 về việc thực hiện thanh tra, kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), cụ thể như sau:

1. 16 hướng dẫn thanh tra, kiểm tra và xác minh liên quan hoàn thuế GTGT
Căn cứ vào Phụ lục ban hành kèm theo Công văn 5004/TCT-TTKT, việc thanh tra, kiểm tra và xác minh liên quan đến quá trình hoàn thuế GTGT được hướng dẫn thông qua 16 Công văn của Tổng cục Thuế sau đây:

(1) Công văn 2124/TCT-TTKT ngày 22/5/2020 về việc giải quyết hoàn thuế.

(2) Công văn 2928/TCT-TTKT ngày 22/7/2020 về việc thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT.

(3) Công văn 3846/TCT-TTKT ngày 15/9/2020 về việc hoàn thuế GTGT đối với mặt hàng gỗ dăm, gỗ thành phẩm.

(4) Công văn 429/TCT-TTKT ngày 22/02/2021 về việc hoàn thuế GTGT có rủi ro cao.

(5) Công văn 776/TCT-TTKT ngày 22/3/2021 về việc thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT theo chuyên đề đối với mặt hàng gỗ dăm, linh kiện điện tử, máy tính.

(6) Công văn 1284/TCT-TTKT ngày 28/4/2021 về việc thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT đối với mặt hàng gỗ dăm, linh kiện điện tử, máy tính, cafe, bún, phở...

(7) Công văn 1564/TCT-TTKT ngày 18/4/2021 về việc tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT.

(8) Công văn 55/TCT-TTKT ngày 20/5/2021 về việc rà soát thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT đối với mặt hàng cao su, sắn lát, nông sản.

(9) Công văn 2495/TCT-TTKT ngày 08/7/2021 về việc hoàn thuế GTGT đối với mặt hàng tinh bột sắn.

(10) Công văn 3534/TCT-TTKT ngày 16/9/2021 về việc tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT.

(11) Công văn 632/T CT-TTKT ngày 07/3/2022 về việc hoàn thuế GTGT đối với mặt hàng tinh bột sắn.

(12) Công văn 633/TCT-TTKT ngày 07/3/2022 về việc thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp có rủi ro về hoàn thuế GTGT.

(13) Công văn 1043/TCT-TTKT ngày 07/4/2022 về việc tổ chức triển khai công tác thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp có rủi ro về hoàn thuế GTGT.

(14) Công văn 1477/TCT-TTKT ngày 09/5/2022 về việc chấn chỉnh công tác quản lý hoá đơn và hoàn thuế GTGT.

(15) Công văn 1873/TCT-TTKT ngày 01/6/2022 về việc tăng cường rà soát kiểm tra phát hiện NNT có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn, chống gian lận hoàn thuế GTGT.

(16) Công văn 3311/TCT-TTKT ngày 08/9/2022 về việc hoàn thuế GTGT mặt hàng điện thoại di động.

2. Nguyên tắc thực hiện thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT
- Cục trưởng Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế; chịu trách nhiệm toàn diện đối với công tác hoàn thuế GTGT thuộc phạm vi quản lý nhà nước được giao theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành. Quán triệt đến toàn thể cán bộ, công chức về kỷ cương, kỷ luật của ngành; quyền hạn, nghĩa vụ và trách nhiệm của cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT. Căn cứ đặc thù công tác quản lý thuế của từng địa bàn, Cục trưởng các Cục Thuế có biện pháp tăng cường quản lý, giám sát với cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ liên quan đến tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT.

- Áp dụng đầy đủ nguyên tắc quản lý rủi ro quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, các văn bản hướng dẫn thi hành và các quy trình nghiệp vụ và các bộ tiêu chí, chỉ số rủi ro có liên quan. Việc đánh giá, phân tích rủi ro về thuế và hóa đơn phải căn cứ vào từng hồ sơ cụ thể và thực tiễn công tác quản lý thuế trên địa bàn để triển khai thực hiện.

- Công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện quyết liệt nhằm kiểm soát chặt chẽ việc hoàn thuế GTGT đảm bảo đúng chính sách, quy định của pháp luật. Cục Thuế phân công nhiệm vụ, giao nhiệm vụ kiểm tra sau hoàn thuế một cách cụ thể, rõ ràng đến từng bộ phận. Yêu cầu từng cán bộ, công chức nắm chắc địa bàn, lĩnh vực được phân công, trường hợp phát hiện bất thường trong khi thực thi công vụ cần khẩn trương báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định.

3. Thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT
- Đẩy mạnh rà soát tổng hợp thông tin hệ thống, ứng dụng công nghệ thông tin để kết nối thông tin cơ sở dữ liệu đánh giá rủi ro về quản lý thuế, quản lý hóa đơn... kịp thời thực hiện thanh tra, kiểm tra, giám sát việc hoàn thuế theo quy định của pháp luật. Cục Thuế tổ chức thực hiện thanh tra, kiểm tra hoàn thuế theo quy định tại Điều 77, Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019.

- Đối với các hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế, Cục Thuế tổ chức thực hiện phân công, triển khai việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế ngay khi tiếp nhận hồ sơ. Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh lý do bất khả kháng, không thể tiếp tục thực hiện kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để tạm dừng kiểm tra. Lý do bất khả kháng được thực hiện theo quy định tại khoản 27 Điều 3 Luật Quản lý thuế 2019 và khoản 1 Điều 3 Nghị định 126/2020/NĐ-CP. Lãnh đạo Cục Thuế, Lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế chịu trách nhiệm tổ chức giám sát từng đoàn kiểm tra đảm bảo thủ tục, trình tự theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế 2019, quy trình kiểm tra thuế.

- Quá thời gian giải quyết hoàn thuế mà chưa có kết quả trả lời từ phía cơ quan chức năng, Cục Thuế có văn bản đôn đốc, đề nghị cơ quan chức năng có ý kiến về lý do của việc chưa cung cấp được thông tin; thực hiện kết thúc thanh tra, kiểm tra đúng thời hạn và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 34 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

- Trường hợp doanh nghiệp thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đã được phê duyệt có hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn, Cục Thuế ưu tiên thực hiện công tác kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế, bố trí sắp xếp nguồn lực triển khai kế hoạch phù hợp với quy định về thanh tra, kiểm tra thuế, quy định về giải quyết hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế 2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành.